به طور کلی این مجموعه، داستان گروهی به نام محفل آدم کشی یا انجمن برادری و دشمن دیرینه و سرسخت آنها یعنی تمپلارها را به صورت عجیبی بازگو میکند. این دو نیرو قرنها است که به علت عقاید و فلسفههای متضاد با هم در حال جنگ هستند. انجمن برادری موافق آزادی کامل برای تمامی انسانها است ولی تمپلارها عقیده دارند که صلح واقعی فقط با استقرار و برقراری کامل قانون، آن هم به دست خودشان قابل دستیابی است. این جنگ از ۴۶۵ سال قبل از میلاد شروع شده ولی شروع داستان برای ما از جنگهای صلیبی سوم و رویارویی تمپلارها و گروه حشاشین بازگو میشود. نکتهی عجیب و مطمئناً جالب این داستان نحوه روایت آن است. ما به عنوان بازیکن، این داستان را از چشم نوادگان انجمن برادری میبینیم که درعصر مدرن زندگی میکنند و با استفاده از دستگاهی به نام آنیموس، به حافظه ژنتیکی درون دیانای دست پیدا کردند. این حافظه بازگو کننده تمام اتفاقاتی است که برای اجداد این افراد رخ داده است. نکته جالب اینجا است که آنیموس توسط شرکت بزرگی به نام آبسترگو ساخته شده که در واقع چهره مدرن سازمان تمپلارها است و این سازمان با بازبینی حافظه ژنتیکی نوادگان اساسینها سعی در پیدا کردن میراثی به نام قطعههای بهشتی را دارد.
